MRSM Besut telah berjaya memperolehi kelulusan 100% dan mendapat tempat ke dua terbaik bagi pencapaian Maktab Rendah Sains MARA di seluruh Malaysia. Pelbagai kejayaan diraih dari setahun ke setahun antaranya MRSM YT Besut telah muncul sebagai Maktab terbaik dalam keputusan PMR di antara MRSM seluruh negara pada tahun 1997 dengan 105 orang pelajar mendapat 8A. Di dalam aktiviti kokurikulum pula, MRSM YT Besut telah menjadi johan keseluruhan Minggu Kokurikulum MRSM SeMalaysia Peringkat Menengah Rendah pada tahun 1998. MRSM YT Besut juga pernah menyertai pameran Tunas Saintis Peringkat MRSM SeMalaysia di MRSM Beseri pada tahun 2000. Pameran tersebut merupakan aktiviti tahunan MRSM untuk mencungkil bakat dan kreativiti pelajar selaras dengan Falsafah Pendidikan Negara. Di dalam bidang sukan, MRSM YT Besut pernah mewakili Daerah Besut ke Peringkat Negeri Terengganu dalam pertandingan Kejohanan Olahraga Sekolah-Sekolah Terengganu ke 28 tahun 1997, Kejohanan Badminton Peringkat MSST anjuran Majlis Sukan Sekolah-Sekolah Terengganu. MRSM Besut juga merupakan juara berturut-turut pertandingan Taekwando MRSM Se-Malaysia.